Mnisi wywodzący się z klasztoru Świętego Ducha byli przenoszeni na stanowiska przełożonych innych monasterów lub obejmowali katedry biskupie. Melecjusz (Smotrycki) został arcybiskupem Połocka, Józef Bobrykowicz – mścisławskim, mohylewskim i orszańskim. Monaster pozostawał jednym z głównych ośrodków sprzeciwu wobec unii. Przez krótki czas mnichem w nim był późniejszy święty prawosławny, wielki przeciwnik unii Atanazy Brzeski. Był to jeden z dwóch klasztorów na terenie I Rzeczypospolitej, którym zarządzał biskup ordynariusz odpowiedniej eparchii (w tym wypadku wileńskiej) lub wybrany przez metropolitę kijowskiego, w porozumieniu z bractwem Świętego Ducha, archimandryta. W innych ośrodkach – poza monasterem Trójcy Świętej w Słucku – przełożeni nosili tytuł ihumenaA. Mironowicz, Życie monastyczne w dawnej Rzeczypospolitej [w:] red. A. Mironowicz, U. Pawluczuk, P. Chomik, Życie monastyczne w Rzeczypospolitej, s. 45.