W 1953 roku zespół ponownie spadł do 3 ligi, w której grał aż do 1960 roku.
Awans do pierwszej ligi i triumf w FA Cup W 1966 roku drużyna prowadzona przez byłą legendę Świętych Teda Bates'a awansowała do najwyższej klasy rozgrywkowej w Anglii. W następnym sezonie Ron Davis zdobył 43 gole. Southampton znalazł się w elicie przez osiem kolejnych lat, kiedy to zajął dwukrotnie siódme miejsce, które pozwoliło na awans do Pucharu Miast Targowych. W grudniu 1973 roku Bates został zastąpiony przez swojego asystenta Lawrie'go McMenemy'a, a rok później zespół spadł z pierwszej ligi, zajmując 20 miejsce. Podczas pobytu w drugiej lidze do zespołu dołączyli tacy piłkarze jak: Peter Osgood, Jim McCalliog, Jim Steele i Peter Rodrigues. W 1976 roku klub zdobył jedyny jak do tej pory Puchar Anglii, pokonując w finale Manchester United 1:0 po bramce Bobbyego Stokesa. Zwycięstwo w finale tych rozgrywek dało awans do Pucharu Zdobywców Pucharów, jednak tam Southampton odpadło w trzeciej rundzie, przegrywając dwumecz z Anderlechtem 2-3.