Mesa zadeklarował, że jego administracja będzie miała charakter przejściowy, a jej celem ma być zorganizowanie referendum na temat eksportu gazu, zwołanie konferencji konstytucyjnej oraz przeprowadzenie nowych wyborów.

Prezydent Mesa wychodząc naprzeciw żądaniom rdzennej ludności, domagającej się większego udziału w decydowaniu o losach kraju, stworzył w gabinecie nowe stanowisko ministra ds. ludności autochtonicznej, które objął Indianin, pochodzący ze wschodnich rejonów Boliwii.

18 lipca 2004 prezydent przeprowadził referendum w sprawie eksportu gazu. W referendum wzięło udział 60% obywateli, którzy odpowiedzieli pozytywnie na wszystkie 5 postawionych pytań, zgodnie z intencjami prezydenta. Pytania dotyczyły uchylenia obowiązującej ustawy paliwowej, przeznaczenia dochodów podatkowych z wydobycia gazu na cele społeczne, a także kontrowersyjnego zamierzenia wykorzystania gazu jako narzędzia do odzyskania dostępu do morza. W referendum pominięto jednak kwestię własności przemysłu gazowego i jego ewentualnej nacjonalizacji.