Kościół w 1829 r. zamknięto, gdyż groził zawaleniem. Podczas trwającego do 1833 r. remontu, który zużył większość zgromadzonych w kasie kościelnej zasobów, nabożeństwa odprawiano w kościele pobernardyńskim. Kolejny remont zboru z jego przebudową, poszerzeniem i częściową zmianą szczytu fasady, nastąpił w 1869 r. W 1839 roku wybudowano plebanię (pastorówkę – obecnie ul. Wały Jagiellońskie 14).
Staromiejski ewangelicki kościół famy przez prawie wiek zaspokajał potrzeby religijne bydgoskich luteranów. Kolejne zbory ewangelickie w Bydgoszczy zaczęły powstawać dopiero po 1846 r., a szczególne nasilenie budów przypada na lata 1878–1914 r.w latach 1846-1920 w Bydgoszczy i gminach sąsiadujących wzniesiono 12 świątyń ewangelickich, w tym 9 ewangelicko-unijnych.
Ze względu na nie najlepszy stan techniczny, oraz konieczność przebicia ul. Kościelnej (obecnie T. Magdzińskiego) w stronę nowo wybudowanego wielkiego kościoła farnego, świątynię zburzono w 1903 roku, stawiając na jej miejscu halę targową (1904–1906). Trzy dzwony z rozebranej świątyni przeniesiono do kościoła w Osielsku.
Fragmenty fundamentów kościoła odsłonięto w 2022 roku, podczas budowy zbiornika retencyjnego pod ul. Magdzińskiego.