Odpady nuklearne mały|240px|Mapa ukazująca miejsca zatopienia odpadów W latach 1946–1970 wody w okolicach Wysp Farallońskich były wykorzystywane do zatapiania odpadów nuklearnych przez Atomic Energy Commission w miejscach zwanych Farallon Island Nuclear Waste Dump. Większość z tych akcji przeprowadzono przed rokiem 1960 (w 1970 zakończono w USA topienie i zakopywanie odpadów nuklearnych). Według raportu Environmental Protection Agency (EPA) z roku 1980 około 47,500 pojemników, 55-galonowych stalowych beczek, zostało zatopionych w okolicach Wysp Farallońskich, a ich przewidywalna radioaktywność może wynosić 14,500 Ci. Wszystkie oprócz 3500 beczek zostały zatopione w miejscu oznakowanym jako ; pozostałe spoczęły w miejscu . Główną organizacją rządową odpowiedzialną za zatapianie odpadów nuklearnych w tym miejscu była Naval Radiological Defense Laboratory z San Francisco, która miała za zadanie dokonać dekontaminacji okrętów użytych jako cele w czasie operacji Crossroads w roku 1946. Silnie napromieniowany lotniskowiec USS "Independence", po czterech latach przetrzymywania w gęsto zamieszkałym rejonie San Francisco, „został odholowany w morze i zatopiony” w tym samym przypuszczalnie miejscu.