Kiedy Alta California została w roku 1848 przekazana przez Meksyk Stanom Zjednoczonym wyspy zostały związane z gwałtownie rozwijającym się miastem San Francisco. Miasto rozwijało się, za czym nie nadążała produkcja rolna. W tej sytuacji ludzie eksploatujący wyspy odpowiadali na zapotrzebowanie sięgające 500,000 jaj miesięcznie, co stało się zarzewiem konfliktów pomiędzy zbieraczami jaj a obsługą latarni morskiej, którą wzniesiono w roku 1853 na SEFI. Konflikt przekształcił się w otwartą wojnę w roku 1863. Starcie pomiędzy dwiema rywalizującymi firmami, znane jako wojna o jaja, zakończyła się śmiercią dwóch ludzi i ostatecznym zakazem zbierania jaj przez firmy z wybrzeża, aczkolwiek latarnicy nadal dostarczali jaja na rynek San Francisco. Ten proceder, wraz z wyciekiem ropy na liniach żeglugowych w pobliżu wysp spowodował, że w roku 1909 prezydent Theodore Roosevelt podpisał ustawę nr. 1043 tworzącą rezerwat Wysp Farallońskich, a w istocie ich grupę północną. Ochrona została rozszerzona w roku 1969 kiedy to cały łańcuch stał się National Wildlife Refuge.