ale kiedy Lilith-Rei przybiera formę Kaworu Nagisy, Ego słabnie, ponieważ dusza Yui z wnętrza Evy mówi Shinjiemu, że Rei jest „całą nadzieją i marzeniami Shinjiego”. Lilith-Rei i SEELE ostatecznie pokonują Ego Shinjiego. Połączenie Lancy Longinusa z EVĄ odtwarza Drzewo Życia. Shinji i EVA, teraz posiadający zarówno Owoc Mądrości, jak i Owoc Życia, stali się „Bogiem”. Shinji, teraz jeden z wszystkimi innymi ludźmi, rozmawia z nimi, szczególnie Rei i Kaworu. Okazuje się, że wchłonięcie Owocu Życia i Owocu Mądrości przez Shinjiego i EVĘ oznacza, że EVA i pilot wewnątrz będą istnieć wiecznie „nawet po tym, jak Słońce, Księżyc i planety znikną”. W końcu rozmawia z Yui, z którą chłopak zastanawia się, co zrobi, aż w końcu decyduje, że chce żyć i wraca na Ziemię. Asuka pojawia się obok niego i Shinji próbuje ją udusić z niewyjaśnionego powodu, ale zatrzymuje się i załamuje, gdy Asuka odzyskuje przytomność i pieści jego twarz.