Air/Magokoro o, kimi ni Air/Magokoro o, kimi ni kontynuuje historię Shinjiego, ukazując jego depresyjną spiralę i utratę woli do życia. Pozostaje on w tym katatonicznym stanie przez większość filmu, podczas gdy wszyscy funkcjonariusze NERV, w tym Misato, zostają zabici. Shinji następnie decyduje się pilotować Evę, aby uratować tych, którzy jeszcze żyją, ale wylany w NERVie bakelit uwolniony przez Misato przypadkowo blokuje wejście EVY-01. Kiedy Shinji dowiaduje się o porażce Asuki, Evangelion uwalnia się sam, aby Shinji miał okazję stać się potężnym bohaterem. Ego Shinjiego powoduje, że pole AT Evy manifestuje się w postaci gigantycznych, przerażających, boskich skrzydeł. Mimo to, po tym, jak chłopak widzi zmasakrowane i okaleczone zwłoki Jednostki-02 (z Asuką w środku), niesione przez EVY Masowej Produkcji, trauma jeszcze się pogarsza, gdy zaczyna się Projekt Dopełnienia Ludzkości. Intensywne emocje Shinjiego przywołują Lancę Longinusa tkwiącą na Księżycu aż na Ziemię. Ego Shinjiego wciąż opiera się atakom Lilith-Rei i SEELE na jego duszę;