Już w drugiej połowie XV wieku nastąpił drugi etap silnego rozwoju miasta.
Nowożytność i XIX wiek mały|lewo|Chojna w XVIII w. W XVI i XVII wieku przez miasto trzy razy nawiedzała plaga cholery, każdej z nich towarzyszyła wysoka śmiertelność wśród ludności.
Miasto posiadało kilka kościołów: Kościół Najświętszej Marii Panny, św. Mikołaja przy klasztorze augustianów, św. Jerzego, św. Gertrudy i kościół przy szpitalu św. Ducha. Reformacja rozpoczęła się w Chojnie w 1533 roku i stopniowo rozwijała się do roku 1553. Klasztor został w 1536 roku rozwiązany, a budynki przeznaczono na szpital i szkołę. Przyklasztorny kościół zamieniono na magazyn. W 1589 miały miejsce bunty mieszczan, które doprowadzały do walk plebsu z patrycjatem.
Podczas wojny trzydziestoletniej w Chojnie przebywali czeski dowódca Wallenstein i król Szwecji Gustaw Adolf. Podczas okupacji miasta zabudowa została zniszczona w 52%, a przemarsze wojsk i towarzyszące im epidemie zdziesiątkowały liczbę mieszkańców i doprowadziły do upadku ekonomicznego. W 1682 roku w wieżę Kościoła Mariackiego uderzył piorun, który spowodował pożar i spalenie wnętrza świątyni. Odbudowa trwała przez 10 lat, w 1714 roku dodano nową ambonę, a w 1734 roku Joachim Wagner wybudował nowe organy.