Rada początkowo nie była przychylna temu pomysłowi, argumentując, że Anakin jest już za duży na rozpoczęcie szkolenia, poza tym, jak powiedział Mistrz Yoda, jest w nim dużo strachu, który może prowadzić do przejścia na Ciemną stronę Mocy. Kiedy jednak Qui-Gon zginął na Naboo z rąk Dartha Maula, a umierając prosił Obi-Wana o wyszkolenie Anakina, ostatecznie Rada wyraziła na to zgodę i Anakin został padawanem tego Jedi. Pierwszy raz spotkał się też wtedy z nowo wybranym Najwyższym Kanclerzem Republiki, Palpatine’em, który zapowiedział, że będzie uważnie przyglądał się postępom młodego Jedi.
Wydarzenia powyższe przedstawione zostały w filmie Mroczne widmo.
Padawan Anakin był zdolny, ale jego charakter przeszkadzał mu w podążaniu wzorcową ścieżką Jedi. Młodzieniec był zbyt porywczy i nie umiał wyzbyć się takich uczuć jak złość czy nienawiść, a te są dla Jedi prostą ścieżką do przejścia na Ciemną stronę Mocy. Przez 10 lat Anakin kontynuował więc szkolenie pod okiem Obi-Wana, a równocześnie coraz większy wpływ na niego zdobywał Palpatine.