Analiza ta wykazała, że mozazaury w tradycyjnym rozumieniu – wodne łuskonośne z kończynami przekształconymi w wiosłowate płetwy – choć istotnie blisko spokrewnione, nie tworzą jednak kladu, do którego nie należały inne łuskonośne; według tej analizy charakterystyczne dla mozazaurów płetwy wyewoluowały niezależnie u trzech różnych grup łuskonośnych pochodzących od aigialozaurów. Podobny wynik dały analizy Caldwella i Palciego (2007) oraz Leblanca, Caldwella i Bardet (2012); natomiast z analizy Conrada i współpracowników (2011) wynika, że mozazaury z wiosłowatymi płetwami tworzą klad, do którego nie należą żadne inne łuskonośne.
Drzewo filogenetyczne mozazaurów i ich najbliższych krewnych za Caldwellem i Palcim (2007) oraz Caldwellem (2012). Rzymskimi I i II oznaczono dwa klady, których przedstawiciele wykształcili cechy budowy miednicy uznawane za charakterystyczne dla mozazaurów; pogrubiono nazwy taksonów mających oprócz tego także kończyny przekształcone w wiosłowate płetwy: