Władzom Uniwersytetu Jagiellońskiego nie udało się uzyskać dla niego profesury zwyczajnej. Otrzymał jednak w 1919 katedrę na Uniwersytecie Warszawskim, był także związany z Wyższą Szkołą Handlową w Warszawie. 23 czerwca 1920, w toku wojny polsko-bolszewickiej, Bujak został mianowany ministrem rolnictwa i dóbr państwowych w pozaparlamentarnym I rządzie Władysława Grabskiego. Podpisał przepisy wykonawcze do uchwalonej przez Sejm Ustawodawczy reformy rolnej. Krytykował sposób przeprowadzenia reformy, opowiadając się za wysokim górnym limitem areału dla wielkiej własności ziemskiej (w tym kościelnej) i za odszkodowaniem dla wywłaszczanych posiadaczy, postulował tworzenie średnich gospodarstw o różnorodnym rozmiarze. Ustąpił ze stanowiska w rezultacie dymisji gabinetu Grabskiego 24 lipca 1920.