Pobyt w Lipsku ponownie przerwała choroba, zmuszając Bujaka do wyjazdu na urlop zdrowotny do Włoch (do Rzymu i Genui), gdzie studiował portolany. Do kraju powrócił w czerwcu 1902 i objął stanowisko adiunkta w Krajowym Archiwum Akt Grodzkich i Ziemskich. W 1903 wydał pierwszą dojrzałą monografię socjologiczną wsi poświęconą Żmiący w powiecie limanowskim. Po fiasku habilitacji w oparciu o pracę dotyczącą portolanów, która spotkała się z brakiem zainteresowania w krakowskim środowisku naukowym, zdobył jako pierwszy na ziemiach polskich habilitację z historii gospodarczej na Uniwersytecie Jagiellońskim w 1905 na podstawie rozprawy Studia nad osadnictwem Małopolski. Przeciwnikiem kandydatury Bujaka był Czerny-Schwarzenberg, który spotkawszy się z jego strony z odmową potępienia ruchu ludowego na łamach „Czasu” uważał go za socjalistę. Bujak uzyskał w 1905 stanowisko docenta, a w 1909 profesora nadzwyczajnego polskiej i powszechnej historii gospodarczej, tworząc pierwszy dydaktyczno-naukowy ośrodek historii gospodarczej.