31 maja 1669 r. przestał pisać „Dziennik”. Powodem była, jak nas poinformował, obawa o pogarszający się wzrok. W czerwcu za zgodą króla wyjechali z żoną w od lat planowaną podróż do Francji. Trwała ona do października. 10 listopada tego samego roku jego żona Elżbieta zmarła na tyfus. Samuel do końca życia formalnie pozostał wdowcem. Oboje spoczęli w kościele St. Olave's na Hart Street w Londynie. Jedna z uliczek blisko jego kościoła parafialnego nazwana jest jego imieniem (Pepys Street).
„Dziennik” Samuela Pepysa jest utworem wielowątkowym. Wynika to tyleż z istoty tej formy literackiej, co bogatej osobowości piszącego. Jest też niezwykłą pełną paradoksów autokreacją. Jednymi z najbardziej znaczących wątków dzieła są: zagmatwane i przedstawione na wskroś współcześnie życie intymne pisarza, plastyczne, pełne sprzeczności, dramaturgii, pasji i pożądania, poczucia winy... Opis relacji z żoną i sporym gronem kochanek, posunięty chwilami wręcz do masochizmu, to antycypacja powieści modernistycznej. Równie interesującą, rozpisaną na całość dzieła, jest realizacja mitu pucybuta. W momencie rozpoczęcia dziennika poznajemy Samuela, jako biednego i podrzędnego urzędnika. Utwór kończy się, kiedy bohatera stać na własny powóz, na codzienne wizyty w teatrze i organizowanie dużych przyjęć dla przyjaciół.