Starosta popierany przez część patrycjatu bydgoskiego, rozpoczął na dworze królewskim starania o unieważnienie otrzymanego przez miasto przywileju. Doprowadziło to do wydania przez króla kolejnego przywileju (7 czerwca 1570 r.) przywracającego staroście dawniejsze uprawnienia w zakresie wyboru burmistrza i rajców. Jednak ostateczne rozstrzygnięcie przyniósł dopiero wyrok sądu królewskiego z 4 września 1570 r., który był korzystny dla samorządu miejskiego. Na mocy wyroku sądowego pospólstwo miasta miało prawo corocznie wybierać 16 kandydatów, spośród których starosta był zobowiązany mianować burmistrza i rajców. Ponadto wybierano 16 kandydatów, a z nich starzy i nowi rajcowie mianowali ośmiu ławników.
Zimą 1577 r. Jan Kościelecki podejmował króla Stefana Batorego, który zatrzymał się na zamku bydgoskim. Pobyt Batorego w Bydgoszczy zaowocował wystawieniem szeregu przywilejów dla Bydgoszczy i Fordonu, spośród których szczególne znaczenie miały postanowienia w sprawie wolności żeglugi na Brdzie.