Na sejmiku nadzwyczajnym 1 października 1594 r. został wybrany w skład delegacji, mającej odwieźć królowi pieniądze na obronę od Tatarów. Sejm warszawski w 1596 r. wyznaczył go na deputata z senatu do odbierania kwarty.
Jan Kościelecki prowadził działalność w otoczeniu dworu monarszego, m.in. towarzyszył Zygmuntowi Augustowi w podróży we Włoszech oraz Stefanowi Batoremu w Gdańsku podczas tłumienia buntu mieszczan. Od stycznia do marca 1577 r. przez trzy miesiące gościł Stefana Batorego na bydgoskim zamku, gdzie monarcha urządził swoją zimową siedzibę, aby kontrolować z bliska konflikt z Gdańskiem.
Uczestniczył w zjeździe części szlachty województw wielkopolskich w Kole 10 sierpnia 1590 rokuAkta sejmikowe województw poznańskiego i kaliskiego. T. 1, (1572-1632). Cz.1, 1572-1616, Poznań 1957, s. 103..
Jan Kościelecki zmarł na zamku bydgoskim 2 kwietnia 1600 r. Pochowano go w kościele bernardynów w Bydgoszczy. W tym kościele niegdyś znajdowało się epitafium poświęcone jego pamięci.
Rodzina Jan Kościelecki był żonaty z Dorotą Spławską, córką Stanisława, kasztelana międzyrzeckiego.