W kolejnych wiekach thumb|left|Panorama miasta z Wielkiej Mapy Księstwa Pomorskiego, (1618) Od 1493 r. miasto należało do księstwa pomorskiego. XVI wiek to okres gospodarczego ożywienia Pyrzyc, przybyli wówczas szkoccy tkacze, rozwój został zahamowany w wieku XVII. W czasie wojny trzydziestoletniej okupowane kolejno przez wojska cesarskie od 1628, szwedzkie od 1630, ponownie cesarskie od 1635 i ponownie szwedzkie od 1636. Miasto zostało splądrowane przez wojska cesarskie i szwedzkie, a w 1634 w znacznym stopniu zniszczone przez pożar. W 1637 r. pozostały pod władaniem Szwecji. Od 1653 r. znalazły się w granicach Brandenburgii, później Królestwa Pruskiego.

Rozwój w połowie XVIII w. również wiązał się z rolnictwem. Miasto zaczęło się wówczas rozwijać poza linią murów (część południowa). W XIX w. dodatkowy impuls dały Pyrzycom uruchomienie połączenia kolejowego ze Stargardu przez Myślibórz do Kostrzyna nad Odrą (1882), a pod koniec XIX w. odgałęzienia do Gryfina, Godkowa i Płońska. Dworzec kolejowy usytuowano na przedmieściu północnym, co spowodowało rozbudowę tej części miasta. W tym samym, 1882 roku, oddano do użytku seminarium nauczycielskie (obecnie szpital). thumb|left|Rynek w 1890 r.