Znajdował się tu gród kasztelański zburzony w 1283, obok grodu powstała osada typu miejskiego, która otrzymała prawa miejskie w 1263 z rąk księcia zachodniopomorskiego Barnima I. XIII wiek to czas intensywnego rozwoju. Miasto rozpoczęło budowę systemu fortyfikacji – murów obronnych, fosy i wałów. Mury były rozbudowywane w kolejnych wiekach. Rozwijały się sukiennictwo i tkactwo, a mieszczanie uzyskali przywilej bicia własnej monety. W 1320 mieszkańcy uzyskali prawo wolnej żeglugi na Pianie i Świnie. W 1322 r. książęta Otton I i Barnim III nadali miastu wieś Czarnowo, a w 1326 r. potwierdzili stare prawo bicia monet.
Mimo licznych wojen Pyrzyce długo pozostawały niezdobyte. Najcięższe oblężenie miało miejsce w 1478 r., gdy książę Bogusław X bronił się przed natarciem 10-tysięcznego wojska elektora brandenburskiego Albrechta.
O rozwoju i znaczeniu Pyrzyc od wieków decydowało rolnictwo. Było to spowodowane warunkami naturalnymi – tutejsze gleby (tzw. czarne ziemie) są wyjątkowo żyzne. W średniowieczu Pyrzyce nazywano spichlerzem Pomorza Zachodniego.