Na Georgii Południowej, ale też Macquarie i Heard polują na pingwiny białobrewe i złotoczube, na wyspie Marion zaś na pingwiny królewskie.
W wodzie kotikowi antarktycznemu zagrażają drapieżniki takie jak orka oceaniczna, amfitryta lamparcia, polująca na młode w wodach wokół Szetlandów Południowych, oraz maoryszanka uszata, zagrażająca młodym na wyspie Macquarie.
Zagrożenia i ochrona thumb|left|Na Georgii Południowej W Czerwonej księdze gatunków zagrożonych Międzynarodowej Unii Ochrony Przyrody i Jej Zasobów kotik antarktyczny został zaliczony do kategorii LC ( „najmniejszej troski”). Pomimo tego jego całkowita liczebność obniża się. Pogłowie dorosłych osobników IUCN szacuje na między 700 000 a 1 000 000 zwierząt, podkreślając, że to najliczniejszy z kotików. Jednakże liczby te były w przeszłości znacznie większe, na przełomie II i III tysiąclecia było to między 4,5 a 6,2 miliona zwierząt. Potem nastąpił spadek. 19 na 20 obecnych osobników tworzy populację z Georgii Południowej. Druga pod względem liczebności populacja z Wyspy Bouveta liczy znacznie mniej, bo 47 000 zwierząt, aczkolwiek ostatnie dane pochodzą z przełomu 2007/2008. Stabilna pod koniec XX wieku, w kolejnej dekadzie zaczęła się zmniejszać z rocznym spadkiem o ponad jedną dwudziestą. Inne populacje uważa się za stabilne bądź też zmniejszające się, ale w wielu przypadkach po prostu brakuje danych. Gatunek objęto ochroną za 60° S.