Ponieważ Ahmed reprezentował umiarkowane islamskie skrzydło w somalijskiej polityce, radykalne organizacje przeciwstawiły się mu, dążąc do jego obalenia.
4 lutego 2009 cztery grupy islamistów, w tym grupa Hassana Dahira Awejsa, niegdyś należąca do Sojuszu na rzecz Wyzwolenia Somalii, połączyły się i sformowały organizację o nazwie Hizbul Islam. Celem powstałej organizacji była walka z nowym rządem Sharifa Ahmeda. Do Hizbul Islam dołączyli fundamentaliści z Asz-Szabab, sojusznicy Unii Trybunałów Islamskich z poprzedniej fazy wojny domowej.
Ponadto Somalia – państwo pogrążone w wojnie domowej, praktycznie bez rządu – stała się dogodnym miejscem dla budowania baz przez rebeliantów Al-Ka’idy, która wówczas coraz mniej pewnie czuła się w takich krajach jak Irak, Afganistan czy Pakistan. Drugim państwem oprócz Somalii narażonym na działalność terrorystów stał się Jemen.