We wrześniu 2012 sprzymierzone siły kenijskie i somalijskie przystąpiły do oblężenia głównego bastionu rebeliantów Kismaju. W tym czasie doszło do ponownego rozłamu wśród islamistów, kiedy to Hizbul Islam opuścił radykałów z Asz-Szabab. 29 września 2012 po dwudniowym szturmie, rebelianci z tego drugiego ugrupowania zostali wyparci z Kismaju.
Wybuch wojny po dojściu do władzy Unii Trybunałów Islamskich Zaprzysiężenie Ahmeda na prezydenta i formowanie zbrojnej opozycji thumb|Zaprzysiężenie na prezydenta Sharifa Sheikha Ahmeda wywołało podziały wśród islamistów i wybuch wojny frakcyjnej Prezydent Ahmed został zaprzysiężony na prezydenta Somalii 31 stycznia 2009, kończąc tym samym okres wojny z lat 2006-09, podczas której z ówczesnym rządem somalijskim, wspieranym przez wojska etiopskie, walczyły bojówki Unii Trybunałów Islamskich, których liderem był Sharif Ahmed. Ugrupowanie Ahmeda było wówczas połączone sojuszem z ASR i Asz-Szabab oraz innymi mniejszymi islamistycznymi organizacjami. Całość była popierana przez Al-Ka’idę.