23 sierpnia 1945 r. Komitet Legalizacyjny Stronnictwa Narodowego w opracowanym przez siebie memoriale wystąpił do prezydenta KRN z wnioskiem o legalizację ugrupowania. Próba ta zakończyła się niepowodzeniem. Po nieudanej próbie przejścia do działalności legalnej, Stronnictwo Narodowe jako całość pozostawało w podziemiu. Władze komunistyczne wzmagały nieustanne akcje przeciw narodowemu podziemiu. W jego zwalczaniu brały udział formacje MO, KBW, UB, jednostki wojskowe, w tym również NKWD i Armia Czerwona. W głośnym Procesie 16 w Moskwie, który rozpoczął się 18 czerwca 1945 sądzeni byli, obok innych, również działacze Stronnictwa Narodowego: Stanisław Jasiukowicz, Aleksander Zwierzyński, Kazimierz Kobylański i Zbigniew Stypułkowski.
Przybyły z emigracji w grudniu 1945 przedstawiciel prezesa Zarządu Głównego SN – Tadeusza Bieleckiego, Edward Sojka powołał nowe Prezydium SN. Przewodniczącym został Leon Dziubecki, a członkami: ks. Władysław Matus, Lech Hajdukiewicz, Marian Podymiak. Wydział Terenowy objął Tadeusz Maciński a Propagandy – Bronisław Ekiert.
W grudniu 1946 MBP aresztowało całe Prezydium. Pozostałe struktury próbował aktywizować następny przybyły z Londynu w grudniu 1946 emisariusz Adam Doboszyński, jednak w lipcu 1947 on także został aresztowany.