Od lipca 1944 władze Stronnictwa prowadziły rozmowy polityczne z Niemcami, w celu zapobieżenia przewidywanej masakrze młodzieży polskiej w Warszawie w związku planowanym powstaniem. Adam Ronikier przedstawił w toczących się rozmowach ideę, by Armia Krajowa przejęła Warszawę bez morderczego boju z Niemcami, na co skłonni byli przystać niektórzy politycy i wojskowi niemieccy (vide casus Paryża w sierpniu 1944). Ideę tę popierał m.in. Józef Mackiewicz.
Lata powojenne i działalność emigracyjna
Wojna nie przerwała ciągłości życia politycznego i istnienia organizacji politycznych, ale po jej zakończeniu Stronnictwo Narodowe przetrwało w szczątkowej postaci. Największe straty Stronnictwo Narodowe poniosło w Wielkopolsce, w Okręgu Lwowskim SN oraz w Warszawie.
W listopadzie 1944 kierownictwo SN utworzyło Narodowe Zjednoczenie Wojskowe, wojskową organizację mającą przeciwstawić się powstającym w Polsce władzom komunistycznym.