W latach 20. kilkakrotnie otrzymywał listy, w których grożono mu śmiercią. W 1928 po zamordowaniu Stjepana Radicia Šufflay napisał książkę Chorwacja w świetle światowej historii i polityki, w której stwierdzał, że naród chorwacki cierpi pod władzą jugosłowiańską i musi się od niej uwolnić. Ponadto uznawał rzekę Drinę, jako granicę pomiędzy cywilizacją Wschodu i Zachodu. Wściekłość serbskich środowisk nacjonalistycznych wywoływały także poglądy Šufflaya w kwestii Albańczyków, którzy w jego opinii mieli pochodzić od Ilirów, a więc mieszkać na obszarze bałkańskim znacznie wcześniej niż Serbowie i Chorwaci. 18 lutego 1931, kiedy wrócił do swojego domu w Zagrzebiu został zaatakowany przez dwóch agentów policji. Napastnicy roztrzaskali młotem głowę Šufflaya, a następnie splądrowali dom i zabrali rękopis Codex Albanicus. Atak okazał się śmiertelny, Milan Šufflay zmarł dzień później. Władze nie zdecydowały się podjąć śledztwa w sprawie zabójstwa. Najbardziej prawdopodobnymi inspiratorami zbrodni byli Nikola Jukić, członek organizacji Mlada Jugoslavija i gen. Bela Marković, serbski komendant garnizonu zagrzebskiegoPhilip J.