W 1915 został powołany do służby wojskowej (mimo iż profesorowie byli z tego obowiązku zwolnieni), ale wkrótce przeniesiono go do rezerwy z uwagi na zły stan zdrowia.
Po powstaniu Królestwa SHS, Šufflay został aresztowany pod zarzutem zdrady stanu i razem z Ivo Pilarem oskarżony o szpiegostwo na rzecz obcego państwa. Dowodem w sprawie był list, który skierował do oficera węgierskiego wywiadu kpt. Ferenca Horváta, a który sam Šufflay uznał za niewinny żart. Sąd skazał go na 3,5 roku więzienia. Protesty napływające ze środowisk naukowych innych krajów, aby zwolnić Šufflaya nie przyniosły efektu i musiał on odbyć całość kary w więzieniu w Kosowskiej Mitrowicy. Po odbyciu kary powrócił do pracy naukowej.
W 1924 wszedł w skład władz prawicowej Czystej Partii Prawa, która nie odgrywała większej roli na scenie politycznej Królestwa SHS. W tym samym czasie, działając na prośbę rządu Albanii i Austriackiej Akademii Nauk, Šufflay kontynuował prace nad 3 tomem Codex Albanicus, będącego zbiorem dokumentów poświęconych średniowiecznym dziejom Albanii.