Przebieg wydarzeń ustalono wyłącznie na podstawie oględzin miejsca zdarzenia oraz zgromadzonych relacji świadków, którzy mówili o mordowaniu wszystkich ukraińskich mieszkańców wsi (także kobiet i dzieci), gwałtach towarzyszących zbrodni oraz o zabijaniu nie tylko przy użyciu broni palnej, ale i siekier, motyk oraz łopat.
Rozbicie zgrupowania „Szarego” Na wieść o wydarzeniach w Wierzchowinach z Chełma wysłana została jeszcze tego samego dnia 60-osobowa grupa pościgowa złożona z kilku funkcjonariuszy Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego, kilkunastu milicjantów i 40 podchorążych szkoły oficerów artylerii ludowego Wojska Polskiego. Oddziały „Szarego” zastawiły na grupę pościgową zasadzkę, w wyniku której funkcjonariuszy UB i milicjantów zabito, a podchorążych wcielono do swoich szeregów. Po niepowodzeniu tej akcji w pościg ruszyła na samochodach ciężarowych 160-osobowa grupa operacyjna sowieckiego 98. pułku wojsk pogranicznych NKWD stacjonującego w Krasnymstawie, złożona z doświadczonych żołnierzy frontowych (część źródeł podaje, że była to pancerna jednostka Armii Czerwonej i oddziały Korpusu Bezpieczeństwa Wewnętrznego, liczące w sumie ok. 2 tys. żołnierzy), grupa wyposażona była w samochody pancerne i lotnictwo. W rezultacie doszło do kilkudniowych walk zakończonych całkowitym rozbiciem zgrupowania NSZ.