Przez Dolinę Kościeliską, a dalej przez Tomanową Przełęcz prowadziła trasa na Słowację, którą podróżowali kupcy z jucznymi końmi i przemytnicy. Na trasie napadali nieraz na nich zbójnicy, o czym świadczą historyczne przekazy, a także nazwy skał, za którymi czyhali zbójnicy: Zbójnickie Okna, Zbójnicka Turnia. Dolina Kościeliska była też ulubionym miejscem poszukiwaczy skarbów, o czym świadczą pozostawione przez nich liczne znaki na skałach i w jaskiniach. W czasie II wojny światowej w dolinie ukrywał się oddział partyzancki im. Szczorsa, a doliną kurierzy tatrzańscy przeprawiali się za granicę.

Dolina Kościeliska przez kilka wieków była ważnym ośrodkiem pasterstwa. Było tutaj 9 hal: Hala Ornak, Hala Pyszna, Hala Smreczyny, Hala Tomanowa, Hala Smytnia, Hala Miętusia, Hala Upłaz, Hala Stoły, Hala Pisana oraz samodzielne polany: Zahradziska, Cudakowa Polana i Wyżnia Kira Miętusia. Łącznie wypasano na nich do 3 tysięcy sztuk owiec oraz kilkaset sztuk bydła. Wypas był ważnym źródłem utrzymania ludzi z miejscowości Zakopane, Wróblówka, Leśnica, Rogożnik, Klikuszowa. Nadmierna liczba wypasanych owiec i bydła spowodowała znaczne zniszczenia przyrody tatrzańskiej i erozję zboczy. Po utworzeniu Tatrzańskiego Parku Narodowego wypas zniesiono, jednak z początkiem lat 90.