W 1876 r. Ernest Bersot, jego poprzednik na stanowisku dyrektora École normale supérieure, pisał do ministra edukacji: « Proszę się nie martwić, dopiero co rozmawiałem z panem Fustel de Coulanges... jest całkowicie francuski i liberalny ». W 1878 r. z propozycji Leona Gambetty Fustel otrzymał katedrę historii średniowiecznej na Sorbonie. Został także członkiem francuskiej akademii nauk moralnych i politycznych (Académie des sciences morales et politiques).
W 1888 r. Fustel de Coulanges przedstawił w swoim sławnym wstępie do "Monarchii frankijskiej" (La monarchie franque, tom II jego monumentalnej "Historii instytucji politycznych dawnej Francji",Histoire des institutions politiques de l'ancienne France, której publikacja ruszyła dziesięć lat wcześniej) nakazy metody historycznej, które historyk, skupiony « całkowicie na nauce », winien respektować. Fustel planował stworzyć dzieło obejmujące okres od końców cesarstwa rzymskiego aż do rewolucji francuskiej. Nieszczęśliwie, złożony chorobą, do dnia swojej śmierci w 1889 r. zdołał zaledwie zarysować sposoby umieszczenia w dziele ogromnej ilości materiałów, które gromadził od ponad 20 lat.