Spór rozszerzył się na cały Śląsk, co doprowadziło do wybuchu wojen śląskich. W ich wyniku dawne księstwo karniowskie zostało podzielone pomiędzy Prusy (część północna z Głubczycami) i Austrię (część południowa z Karniowem).
W 1763 roku w wyniku pokoju hubertsburskiego Karniów wszedł w skład Śląska Austriackiego, stanowiącego autonomiczną prowincję złożoną z pozostałych przy Austrii ziem śląskich. Spowodowało to szybki upadek znaczenia politycznego i administracyjnego Karniowa, ponieważ wszystkie urzędy księstwa karniowskiego przeniesiono do Opawy. W 1779 miasto zostało zniszczone przez wojska pruskie w odwecie za zniszczenie Prudnika przez Austriaków. W 1849 roku ostatecznie przestano używać nazwy księstwo karniowskie, natomiast coraz częściej zaczęto określać tereny byłego księstwa karniowsko-opawskiego Śląskiem Opawskim. W drugiej połowie XIX w. Karniów stał się dużym ośrodkiem przemysłu włókienniczego. Jednocześnie w 1845 r. w mieście została założona firma Rieger (od 1879 Gebrüder Rieger), która wkrótce stała się jednym z największych w Europie wytwórców organów. Zatrudniała ok. 160 robotników. Tylko w latach 1873–1903 wyprodukowała ona 1073 instrumenty. Po II wojnie światowej przeniosła swój zakład do Schwarzach w Austrii i nadal buduje organy pod nazwą Rieger Orgelbau.