Karniów szybko stał się znaczącym grodem na pograniczu śląsko-morawskim.
W XV wieku o ziemię karniowską toczyła się wojna pomiędzy królem czeskim Władysławem II Jagiellończykiem i, roszczącym sobie prawa do czeskiego tronu, królem węgierskim Maciejem Korwinem, zakończona zwycięstwem tego drugiego. Do 1490 roku Karniów był jednym z głównych miast części Królestwa Czeskiego rządzonego przez Korwina. Wybijano tu nawet monety królewskie. Wraz z okolicą stanowił księstwo karniowskie. Po śmierci Macieja Korwina władzę nad księstwem przejął ponownie Jagiellończyk.
W 1523 roku miasto wraz z całym księstwem kupił Jerzy Hohenzollern, który wprowadził jako obowiązujące wyznanie luteranizm. Hohenzollernowie panowali tu do początku XVII wieku, kiedy za sprzeciw wobec panujących w Czechach Habsburgów księstwo zostało skonfiskowane, a książę karniowski uwięziony. Cesarz darował w 1622 roku księstwo karniowskie Karolowi Liechtensteinowi, który połączył je z księstwem opawskim w księstwo karniowsko-opawskie. W wyniku wojny trzydziestoletniej Karniów został poważnie zniszczony, a księstwo spustoszone. W dalszych latach pretensje do Karniowa wnosił król pruski Fryderyk II Wielki, który uważał, że księstwo zostało bezprawnie odebrane jego przodkom z rodu Hohenzollernów.