Podczas jego rządów Czad należał do jednych z najbiedniejszych krajów świata, a on sam opływał w luksusy. W czasie jego rządów stracono 40 tysięcy osób, a kolejne 200 tysięcy było torturowanych. W 1990 w wyniku antyrządowej rebelii pod wodzą Idrissa Déby’ego uciekł z kraju i osiadł w Senegalu. Został oskarżony o zbrodnie przeciwko ludzkości i oczekiwał na proces.
W 2000 wpłynął pierwszy pozew o aresztowanie byłego dyktatora. Sędzia z Dakaru, który prowadził proces, uznał go za współwinnego m.in. tortur i aktów barbarzyństwa. W 2001 pozew złożyła grupa Czadyjczyków mieszkających w Belgii. Ofiary dyktatora zwróciły się zatem do rządu w Brukseli. W 2005 Belgia wystawiła międzynarodowy nakaz aresztowania. W Senegalu nałożono na niego prowizoryczny areszt domowy, jednak kraj ten stwierdził, że senegalskie prawo nie zezwala na ekstradycję Habré do Belgii. W 2006 Unia Afrykańska poprosiła Senegal, by osądził Habré. Prezydent Senegalu Abdoulaye Wade wyraził zgodę, wprowadzono poprawki w konstytucji, by umożliwić sądzenie byłego dyktatora Czadu. Jednak Dakar zażądał pokrycia kosztów procesu. Organizacje międzynarodowe uznały to za farsę. Prezydent Wade zagroził wysłaniem Habré do Czadu, gdzie czekał na niego zaoczny wyrok kary śmierci, na czym Unii Afrykańskiej nie zależało.