Prezydent nie chcąc konfliktu z Libią, zdymisjonował Habré, który ponownie wyemigrował do Sudanu. Tymczasem Goukouni Oueddei faktycznie uznał zwierzchnictwo Libii. Zaniepokojone tym kraje zachodnie udzieliły poparcia Habré, który ruszył na Ndżamenę, zdobywając ją w czerwcu 1982. Przejęcie władzy przez Habré umożliwione zostało też przez trwającą w tym czasie interwencję wojsk francuskich, która miała na celu osłabienie w kraju wpływów libijskich.
Sprawował dyktaturę utrzymując się przy władzy dzięki pomocy Francji i Stanów Zjednoczonych. Obydwa mocarstwa popierały go w wojnie domowej przeciwko opozycji wspieranej przez Libię. Po objęciu fotelu prezydenta przez Habré, al-Kaddafi wysłał do Czadu żołnierzy, którzy zajęli północ kraju. W latach 1983–1984 doszło do interwencji francuskiej, a Stany Zjednoczone wysłały instruktorów wojskowych oraz samoloty kontroli powietrznej AWACS. Wybuchły krwawe walki, z których zwycięsko wyszedł Habré. Decydujący cios armii libijskiej Habré zdał podczas tzw. wojny toyot (1986-87).