Po zajęciu Lwowa przez wojska sowieckie w 1944 roku początkowo był zatrudniony na Politechnice Lwowskiej. Od końca listopada 1944 do marca 1945 aresztowany przez NKWD i osadzony w lwowskim więzieniu przy ul. Łąckiego. Zarzucano mu „wrogą działalność przeciwko władzy radzieckiej po wygnaniu Niemców z terytorium zachodniej Ukrainy” (paragrafy 54-Ia, 54-II), a chodziło najprawdopodobniej o uczestnictwo w pracach Delegatury Rządu Londyńskiego. W roku 1999 Generalna Prokuratura Ukrainy uznała, że represjonowanie prof. Suchardy było bezpodstawne.
Po zwolnieniu z więzienia pojechał do Krakowa, gdzie przez krótki czas kierował Laboratorium Badawczym Dyrekcji Lasów Państwowych. Następnie jako powołany dziekan, organizował w Krakowie Wydział Chemiczny Politechniki Śląskiej z przyszłą siedzibą w Gliwicach. Otrzymał nominację na Kierownika Katedry Chemii Organicznej i profesora Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie. Mimo tego zdecydował się na wyjazd do Wrocławia. Od września 1945 roku był organizatorem Politechniki Wrocławskiej, wówczas tworzonej jako jedna uczelnia z Uniwersytetem Wrocławskim, jako jej prorektor. Równocześnie co dwa tygodnie dojeżdżał na wykłady na Politechnikę Śląską w Gliwicach.