Ostrzeżenia specjalne Tygecyklina, ze względu na swoje pokrewieństwo z tetracyklinami, może powodować takie same działania uboczne. Również z tego powodu tygecykliny nie należy stosować u pacjentów, u których wystąpiły objawy nadwrażliwości na tetracykliny oraz u dzieci i młodzieży w okresie wzrostu i dojrzewania. Tygecyklina może prowokować występowanie groźnych dla życia reakcji anafilaktycznych lub rzekomoanafilaktycznych. Lek może wywoływać ostre zapalenie trzustki, które z reguły ustępuje po przerwaniu leczenia tygecykliną. Pacjenci z zastojem żółci, leczeni tygecykliną, powinni znajdować się pod baczną obserwacją, gdyż wydalanie z żółcią jest główną drogą eliminacji tygecykliny z organizmu. Należy kontrolować czas protrombinowy u chorych leczonych tygecykliną i preparatami przeciwzakrzepowymi.
Interakcje Tygecyklina zmniejsza klirens warfaryny, co może prowadzić do wydłużenia czasu protrombinowego. Stwierdzono również, że tygecyklina zmniejsza skuteczność doustnych leków antykoncepcyjnych.