1940 4 kwietnia zmarła matka o. Serafina. Pochowano ją na cmentarzu Zamarstynowskim, obok syna Józefa. listopad – wobec dotkliwego braku księży na Wołyniu za zgodą władz zakonnych udał się tam, służąc społecznościom katolickim w parafiach pozbawionych kapłanów (Karasin, Kowel, Równe, Międzyrzecz, Ludwipol, Stara Huta, Korzec) oraz miejscowościach „zza kordonu”, tj. za granicą polsko-radziecką z okresu międzywojennego. 25 grudnia objął obowiązki administratora parafii w Karasinie.
1941 sierpień – od Karasina nacjonalistyczne formacje ukraińskie rozpoczęły straszliwe rzezie ludności polskiej, które w różnych regionach trwały do wiosny 1944 r., zwane „czerwonymi nocami na Wołyniu”. Na samym Wołyniu zamordowano ok. 60 tys. Polaków. O. Serafin Kaszuba kilkakrotnie cudem nieomal uszedł śmierci. Nie zdecydował się jednak pozostawić wiernych bez opieki kapłańskiej. wrzesień – objął parafię Dermanka, w której pracował jako proboszcz do czerwca 1943 r.
1942 12-17 sierpnia uczestniczył wraz z dużą grupą wiernych w pielgrzymce do „wołyńskiej Częstochowy” – Kazimierki.