Ostatecznie Tsunayoshi został piątym siogunem siogunatu Tokugawa.
Siogun Tsunayoshi (1680–1709) Tuż po objęciu stanowiska sioguna Tsunayoshi nadał Masatoshiemu Hotta tytuł tairō jako wyraz wdzięczności za poparcie jego kandydatury. Nakazał również wasalowi z rodu Takata popełnić samobójstwo za złe rządzenie, pokazując w ten sposób swoje przywiązanie do kodeksu samurajskiego.
W 1682 roku Tsunayoshi zarządził swoim doradcom podniesienie standardów życiowych mieszkańców. Wkrótce zakazana została prostytucja, wprowadzono zakaz zatrudniania kelnerek w herbaciarniach, zakazano również sprzedaży drogich i rzadkich tkanin. Wpłynęło to na rozwój przemytu na terenie Japonii. W 1684 roku, po zabójstwie Masatoshiego Hotty przez jego kuzyna, Tsunayoshi uszczuplił władzę tairō.
Tsunayoshi stał się bardzo religijny, promując neokonfucjanizm Zhu Xi. W 1682 roku odczytał swoim daimyō tekst Wielkiej Nauki, co stało się doroczną tradycją. Interesował się również sztuką, w tym dramatem nō.