Najhojniejszym dobrodziejem bydgoskiego konwentu został kanclerz wielki koronny Jerzy Ossoliński, wychowanek jezuitów, starosta bydgoski w latach 1632–1645. Poprosił on w 1642 roku wizytatora o. Fabrycego Banfi o zgodę na przejęcie od biskupa Działyńskiego opieki nad bydgoską rezydencją jezuitów. W umowie zawartej 9 kwietnia 1643 r. w Warszawie, biskup zgodził się tylko na przyjęcie Ossolińskiego na współfundatora. Dopiero po śmierci biskupa Kaspra Działyńskiego 19 marca 1646 roku, Jerzy Ossoliński występował samodzielnie jako fundator jezuickiej placówki w Bydgoszczy. Po jego śmierci 9 sierpnia 1650 r. tytuł fundatora przestał być używany, choć dla kolegium zasłużył się jeszcze Jan Stefan Komorowski, chorąży malborski, brat Wojciecha, rektora bydgoskiego kolegium, który pod koniec XVII wieku finansował dokończenie budowy kościoła i kolegium.
W czasie potopu szwedzkiego świątynia i kolegium zostały splądrowane tak, że w 1661 r. placówki omal nie zlikwidowano. Ponowny rozwój przypada na II połowę XVII wieku.
Bydgoska placówka uzyskała status kolegium w 1647 r. Od jej utworzenia do 1755 r. należała do Polskiej Prowincji jezuitów, powołanej w 1608 roku. W 1755 r.