17 grudnia 1906 był przesłuchiwany przez radomskiego policmajstra ppłk. GorskiegoRanny w czerwcu 1907 w wyniku zamachu bombowego OB PPS, któremu przyznał się do przynależności do Organizacji Bojowej PPS, oraz dokonania zamachu, wspólnie z nieznanym mu z nazwiska "Rafałem". W podpisanym zeznaniu Werner stwierdził:
Jak wspominał po latach Stanisław Hempel oceniając ówczesną sytuację oraz zeznania Wernera:
Tego samego dnia generał-gubernator radomski gen.mjr. Sawickij przekazał jego sprawę sądowi wojenno-polowemu w Radomiu, który 19 grudnia 1906, skazał Wernera na śmierć przez rozstrzelanie. Tuż przed śmiercią w nocy napisał ostatni list do matki:
Wyrok został wykonany następnego dnia o godzinie 7 rano w Lesie Kapturskim koło RadomiaObecnie Las Kapturski znajduje się w granicach miasta. Plutonem egzekucyjnym dowodził kpt. SamsonowW sierpniu 1907 r. został zastrzelony pod oknami domu matki Wernera przez Wacława Zbrowskiego z OB PPS. Tego samego dnia na znak protestu przeciw śmierci Wernera w mieście strajkowały wszystkie zakłady przemysłowe. Władze odmówiły oficjalnego pochówku i pomimo próśb rodziny składanych do władz 22 grudnia 1906 i 13 marca 1907 odmówiono wydania zwłok. Symboliczny grób Stanisława Wernera znajduje się na cmentarzu w Radomiu przy ul. B.