W następnym sezonie Zidane razem ze swoim klubem pokonując w finale Feyenoord zdobył Superpuchar Europy, a ponadto triumfował w rozgrywkach Superpucharu Hiszpanii. Francuskiemu zawodnikowi po raz trzeci przypadła także nagroda Piłkarza Roku FIFA.

Sezon 2005/2006 nie był już dla Zidane’a tak udany. Francuski gracz w meczu przeciwko Sevilli strzelił co prawda swojego pierwszego hat-tricka w karierze, jednak nie odniósł żadnych większych sukcesów. Real z Pucharu Króla został wyeliminowany w półfinale, z Ligi Mistrzów odpadł w 1/8 finału, natomiast w Primera Divisón stracił dwanaście punktów do mistrza kraju – FC Barcelony. W tym sezonie Zidane wystąpił w lidze hiszpańskiej 24 razy (w tym pięć razy wszedł na murawę z ławki rezerwowych), strzelił dziewięć bramek, zaliczył dziesięć asyst, pięć razy został ukarany żółtą kartką.

Po wcześniejszej zapowiedzi zakończenia kariery, Zidane ostatni mecz w barwach Realu Madryt rozegrał 7 maja 2006 roku, a jego drużyna zremisowała wówczas na Estadio Santiago Bernabéu z Villarreal CF 3:3. Wszyscy gracze „Królewskich” wystąpili w tym spotkaniu w specjalnych koszulkach, na których poniżej loga klubu widniał napis „ZIDANE 2001–2006”.