bombowce tego typu zniszczyły 33% serbskich celów w pierwszych ośmiu tygodniach walk. Od tego czasu Spirity brały udział w operacjach „Trwała Wolność” (ang. Enduring Freedom) w Afganistanie w latach 2001–2002 oraz „Iracka Wolność” (ang. Iraqi Freedom) w Iraku w 2003.
Podczas operacji Enduring Freedom samoloty B-2 Spirit startowały z bazy lotniczej Whiteman, a po zrzuceniu bomb kierowały się do bazy wojskowej Diego Garcia na Oceanie Indyjskim; tam następowało tankowanie i zmiana załogi, a następnie samoloty wracały do Whiteman. Jeden z lotów wykonanych w czasie tej operacji był najdłuższym lotem bojowym samolotu bombowego w historii – trwał ponad czterdzieści cztery godziny.
W późniejszych latach Spirity wykorzystywano nad Libią w 2011 (operacja Odyssey Dawn) oraz do nalotów na bojowników tak zwanego Państwa Islamskiego w 2017 roku.
Według stanu na 2018 rok, przewidywane jest wycofanie samolotów B-2A ze służby do 2032 roku (pierwotnie planowano do 2058 roku) – wcześniej od znajdujących się równolegle w służbie bombowców strategicznych starszej konstrukcji B-52 i B-1, z uwagi na bardzo wysokie koszty utrzymania ich sprawności bojowej oraz godziny lotu (121.866 USD). Z powodów technicznych i organizacyjnych zwykle dostępnych do użycia jest nie więcej niż 8 B-2A w tym samym czasie (ok.