Przez pierwsze lata służby samolotu wielu krytyków uważało, że jego zastosowanie bojowe jest wysoce problematyczne, gdyż trudno by było znaleźć cel warty zaatakowania przez samolot, który kosztuje 2 miliardy dolarów, szczególnie gdy inne, o wiele tańsze samoloty mogłyby z powodzeniem wykonać to samo zadanie. Co więcej, strata bombowca B-2 byłaby wielką porażką propagandową dla Ameryki. Ponadto samoloty te mogły działać tylko ze specjalnie wyposażonych lotnisk.
Krytycy w dużej mierze zmienili jednak zdanie, gdy zrozumiano główny atut B-2: globalny zasięg (dzięki tankowaniom w powietrzu), pozwalający mu wykonywać 30-godzinne misje, startujące z lotnisk w kontynentalnych Stanach Zjednoczonych, przeciwko celom na całej kuli ziemskiej. Kształt samolotu czyni go nie tylko mniej widzialnym dla radaru, ale daje mu też bardzo dobry zasięg wynoszący około 11 000 km bez tankowania.
Chrzest bojowy B-2 Spirita nastąpił podczas operacji „Sprzymierzona Siła” (ang. Allied Force) w Kosowie w 1999 roku;