Indywidualna wystawa Boeckla na XXV Biennale w Wenecji w 1950 roku podsumowywała z jednej strony zamknięty już rozdział przetwarzania dokonań europejskiego klasycznego modernizmu od Cezanne’a przez ekspresjonistów, z drugiej zapowiadała nowe tendencje w malarstwie Boeckla. Na koniec lat 40. XX wieku przypada bowiem czas jego intensywnych eksperymentów z abstrakcją (wariacje nt. obrazu Dominikanin czy Lecący szpak), zaś od 1950 praca nad freskami w tzw. kaplicy anioła (Engelskapelle) opactwa w Seckau (Styria), trwająca aż do 1963 roku.
W 1958 roku reprezentował po raz kolejny Austrię na wystawie światowej w Brukseli oraz w roku następnym w São Paulo. W 1964 roku brał udział w XXXII Biennale w WenecjiDemus, Otto, wprow. do XXXII Biennale di Venezia 1964. Austria, Wien 1964 (broszura–katalog)..
W latach 1962–1965 ponownie był rektorem Akademii Sztuk Pięknych w Wiedniu, gdzie 20 stycznia 1966 zmarł w szpitalu Rudolfinerhaus. Pochowany jest w grobie honorowym na wiedeńskim Zentralfriedhof. Ku jego czci w 1977 nazwano w Wiedniu jego imieniem ulicę (Herbert-Boeckl-Weg), a w 100. rocznicę urodzin w 1994 poczta austriacka wydała specjalną serię znaczków z podobizną malarza.