W październiku 1999 Kidd został zwolniony, a w marcu zastąpił go Graeme Souness. Blackburn powrócił do Premier League po udanym sezonie 2000/2001, zajmując drugie miejsce za Fulham.
W sezonie 2001/2002 do drużyny dołączył Andy Cole, który stał się najdroższym piłkarzem w historii drużny. Rovers zdobył pierwszy w historii Puchar Ligi, pokonując w finale Tottenham Hotspur 2:1. W następnym sezonie zajęli szóste miejsce premiowane udziałem w rozgrywkach o Pucharu UEFA. Souness odszedł z klubu przed rozpoczęciem nowego sezonu, a jego miejsce zajął walijski trener Mark Hughes. Blackburn pod jego wodzą dotarło do półfinału Pucharu Anglii, przegrywając z Arsenalem, a w Premier League zajęli 15. miejsce. Poprowadził drużynę do szóstego miejsca w następnym sezonie i trzeciego awansu do europejskich pucharów w ciągu pięciu lat. mały|Mecz pomiędzy Blackburn, a Chelsea w grudniu 2009 roku. Rovers dotarł do półfinału Pucharu Anglii 2006/2007, ale przegrali z Chelsea w dogrywce i zakończyli ligę na dziesiątym miejscu, kwalifikując się do Pucharu Intertoto. W maju 2008 roku Mark Hughes odszedł z Blackburn do Manchesteru City. Został zastąpiony przez Paula Ince’a, który po słabym początku został zwolniony w grudniu.