Klub zapewnił sobie awans do nowo utworzonej FA Premier League pod koniec sezonu 1991/1992, jako zwycięzcy play-offów, kończąc 26-letni okres grania poza ścisłą czołówką.
W 1992 roku Blackburn ustanowił rekord transferowy w wysokości 3,5 miliona funtów za 22-letniego napastnika Southampton Alana Shearera. Po zajęciu czwartego miejsca w sezonie 1992/1993 i zdobycia wicemistrzostwa Anglii w sezonie 1993/1994, w 1995 roku Rovers zdobyli mistrzostwo Anglii.
Blackburn Rovers słabo rozpoczęło kolejne rozgrywki i przez większą część pierwszej połowy sezonu znajdowało się w dolnej części tabeli. Rovers walczyli w Lidze Mistrzów, gdzie zmagania grupowe zakończyli z dorobkiem zaledwie czterech punktów. Po zmianach personalnych i na stanowisku trenera słaby początek kampanii Premier League w sezonie 1996/1997, przyczynił się do dziesięciu porażek w pierwszych kolejkach sezonu. Klub pod wodzą Tonye’go Parkesa utrzymał się w lidze. Tego lata pracę menedżera objął Roy Hodgson. Tak jak w ostatnim czasie klub znowu nie najlepiej rozpoczął kampanię ligową, a Hodgson został zwolniony w grudniu po przegranej 0:2 z Southampton, kiedy Blackburn znalazło się w strefie spadkowej. Został zastąpiony przez Briana Kidda, który nie pomógł w uniknięciu spadku.