Na ring powrócił zaledwie trzy miesiące później i pokonał już w drugiej rundzie Oisina Fagana. 14 marca 2009 pokonał Marco Antonio Barrerę po technicznej decyzji w piątej rundzie. W pierwszej rundzie po przypadkowym zderzeniu głowami Barrera doznał dużego rozcięcia skóry na czole. Walka została przerwana w piątej rundzie, ponieważ krew cieknąca z rany zalewała lewe oko Meksykanina i utrudniała mu widoczność. Po podliczeniu punktów do czasu przerwania walki wygrał Khan w stosunku 50–44, 50–45 i 50–45. Promotor Barrery, Don King, po walce złożył protest twierdząc, że sędzia powinien przerwać pojedynek już w pierwszej rundzie, bezpośrednio po zderzeniu bokserów głowami, a walka powinna zostać uznana za nieodbytą. Protest został jednak odrzucony.
18 lipca 2009 Khan wywalczył tytuł mistrza świata organizacji WBA w kategorii junior półśredniej, pokonując jednogłośnie na punkty Andrija Kotelnyka w stosunku 120–108, 118–111 i 118–111. 5 grudnia 2009, w pierwszej obronie tytułu, pokonał już w pierwszej rundzie przez techniczny nokaut Dmytro Salitę. Jego rywal trzykrotnie leżał na deskach.