Mimo honorowych warunków kapitulacji Modlina, 7 listopada 1939 został aresztowany przez Niemców. Przebywał w kilku obozach jenieckich, m.in. w Königsteinie, Hohnsteinie, Johannisbrunnie, Murnau oraz w Dössel, gdzie 27 września 1944 został ranny w wyniku zbombardowania obozu. Próbował ucieczki. Po wyzwoleniu przedostał się do Wielkiej Brytanii.
Od kwietnia 1945 służył w Polskich Siłach Zbrojnych, lecz bez przydziału. W styczniu 1947 powrócił do Polski, gdzie zamieszkał u rodziny w Toruniu. Formalnie został przyjęty do wojska i przeniesiony w stan spoczynku, lecz bez zaopatrzenia emerytalnego. Żył w nędzy w Gdyni, czasowo pracując jako dozorca domu. Dopiero po osobistym wstawiennictwie marszałka Konstantego Rokossowskiego uzyskał należytą emeryturę i przedwojenne mieszkanie w WarszawieW. Białkowski, Rokossowski na ile Polak?, , s. 229/230..
Został pochowany w Alei Zasłużonych na cmentarzu Wojskowym na Powązkach (kwatera A 29-półkole I-11) – wyszukiwarka [dostęp 2020-04-26]..
Thommée był ewangelikiemParafia Ewangelicko-Augsburska w Poznaniu – znani ewangelicy.. Był żonaty z Niwą z domu Bemm (Finką), mieli jedno dziecko – córkę Violantę.