W 1895 roku na jednym z posiedzeń Wydziału Filologicznego UJ dostał ataku serca. Kłopoty zdrowotne ograniczyły jego aktywność zawodową. Zmarł 25 kwietnia 1899 roku. Pochowano go na cmentarzu Rakowickim (kwa. VI-wsch.-19). mały|Grób prof. Anatola Lewickiego na cmentarzu Rakowickim Poglądy Reprezentował Krakowską Szkołę Historyczną. Za głównych sprawców procesów historycznych uważał jednostki, zwłaszcza monarchów. Unaukowienie historii postrzegał jako oparcie badań historycznych na możliwie szerokiej podstawie źródłowej.
W pierwszym okresie działalności naukowej poświęcił się badaniom historii polskiej okresu piastowskiego. Najważniejszymi pracami tego okresu jest pierwsza biografia Mieszka II, w której zrewidował dotychczasowy sposób przedstawiania tego władcy w historiografii polskiej i praca poświęcona koronacji na króla polskiego Wratysława II w 1086 roku. Później zajął się studiami nad XV wiekiem. Jego praca Powstanie Świdrygiełły została nagrodzona 13 kwietnia 1890 roku I nagrodą w konkursie im. J. U. Niemcewicza organizowanym przez Towarzystwo Historyczno-Literackie.