18 stycznia 1918 Fiodorow współtworzył Związek Powszechnego Zjednoczenia Katolickiego, który miał przyczynić się do wzajemnego poznania między prawosławnymi i katolikami a w dalszej perspektywie koordynować w Rosji pracę misyjną katolików obrządku bizantyjskiego. To samo zadanie miało spełniać Towarzystwo św. Jozafata, w którego założenia egzarcha również brał aktywny udział. W pierwszych latach po rewolucji październikowej działalność Rosyjskiego Kościoła katolickiego mogła jeszcze trwać bez przeszkód. Jednak od 1922 musiał on praktycznie przejść do podziemia. W tym czasie Fiodorow opracował katechizm dla katolików rosyjskich.
Represje 3 marca 1923 egzarcha Fiodorow razem z grupą 14 innych duchownych otrzymał nakaz stawienia się przed sądem w Moskwie pod zarzutem prowadzenia działalności kontrrewolucyjnej. Został skazany na 10 lat więzienia i 5 lat pozbawienia praw obywatelskich. Został osadzony w ścisłej izolacji w więzieniu Sokolniki k. Moskwy. Ostatecznie opuścił je w 1926, nie mogąc wrócić do stolicy osiadł w Kałudze, gdzie pracował w kościele obrządku łacińskiego.