Ta ostatnia miała miejsce dopiero w 1911. Wiedząc o trudnej sytuacji katolików rosyjskich, Fiodorow pragnął lepiej przygotować się do przyszłej pracy duszpasterskiej wstępując do zakonu studytów. Przebywał w nowicjacie w okolicach Prnjavora w Bośni, jednak nie ukończył trzyletniego okresu próby, gdyż w lipcu 1914 musiał, jako obywatel Imperium Rosyjskiego, wyjechać z Austro-Węgier.
Działalność w Rosji Natychmiast po przyjeździe do Petersburga Fiodorow został uznany za niebezpiecznego wichrzyciela religijnego i zesłany do Tobolska na zesłanie administracyjne. W czasie pobytu na Syberii zaczął chorować na reumatyzm, jednak nadal utrzymywał kontakt z rosyjskimi katolikami i publikował w ich półlegalnych gazetach. Do stolicy Rosji mógł wrócić dopiero po rewolucji lutowej. W dniach 29-31 maja wziął udział w pierwszym Synodzie Rosyjskiego Kościoła katolickiego, w czasie którego został mianowany jego egzarchą.