Badania naukowe Zainteresowania Jana Sowy skupiają się wokół socjologicznych i kulturowych badań nad nowoczesnością. W szczególności interesuje go problematyka związana z modernizacją w cywilizacji Zachodu i poza nią, rozwojem kapitalizmu oraz relacjami między kulturą europejską a innymi kulturami (w tym kwestie kolonializmu, globalizacji, migracji oraz zderzenia Zachodu ze światem Islamu). Swoje podejście badawcze określa jako dialektyczno-materialistyczne.
Tłumaczył książki i artykuły z zakresu politologii, filozofii i socjologii. Współpracuje z kwartalnikiem „Praktyka Teoretyczna”.
Publikacje Sezon w teatrze lalek to zbiór, na który składają się teksty napisane między rokiem 2000 a 2003. Można tam znaleźć większość esejów publikowanych na łamach „Ha!artu” oraz teksty wcześniej nie drukowane (w tym prawie cały cykl pocztówki patafizyczne pojawiający się w internetowym miesięczniku „Ha!art” w latach 2001–2003). Poruszają one taką tematykę jak: urbanizacja, ewolucja wiedzy naukowej, konsumpcja, ruchy rewolucyjne, media niezależne, neoliberalizm ekonomiczny, polityka, współczesne postacie kontrkultury, Internet, terroryzm, globalizacja oraz ruchy anty- i alterglobalistyczne.